對人類而言，益生菌是一些有益健康的微生物。很久以前，人們便懂得從食物中攝取益生菌，改善腸胃，增強抵抗力。植物界也有「益生菌」，是指一些存在於泥土中的微生物。在漫長的演化過程中，這些微生物與植物更建立起共生關係，不能缺少彼此！
根瘤菌
根瘤菌又稱「固氮菌」，多數寄生在豆科植物中，包括放線菌和藍綠藻等，是一些能夠將大氣中的氮氣轉化為氮化合物的細菌。氮是植物生長的必要養分，植物製造蛋白質、DNA和葉綠素都需要氮。大氣中雖然有大量氣態的氮，但是植物不能直接吸收。因此，在泥土缺乏氮的環境下，豆科植物會分泌出甜菜鹼、類黃酮與異黃酮，這些物質都可以吸引根瘤菌。一旦根瘤菌在豆科植物的根部生長，即會成為植物的「固氮工廠」，將大氣中的氮轉化成可供植物使用的氮化合物。另一方面，植物亦會為根瘤菌提供生存所需養分作回報，是典型的互利共生關係。
溶磷菌
磷是另一種植物生長的必要養分，植物進行光合作用、運送養分、製造新細胞等都需要磷。泥土中含有多種磷化合物，大致可分為無機態和有機態兩大類，均是不易溶於水中，難以被植物吸收。植物要獲取磷，便需是溶磷菌的幫助。溶磷菌能夠利用不同的機制，分泌出酵素或酸性物質，將無機態和有機態的磷釋放及溶於水中，讓植物能夠吸收。已知的溶磷菌包括了細菌、放線菌和真菌等。
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菌根菌
菌根菌以真菌為主，根據菌絲進入植物根部細胞的程度，可分為內生、外生和內外生三大類。內生菌根菌會進入植物根部細胞，然後在根部外延伸出一個巨大的菌絲網，作用就是將根部範圍外的養分輸送給植物。外生菌根菌則會在植物的幼根外，形成菌絲鞘套，有助幼根抓緊泥土之餘，同時保護幼根，抵抗病蟲侵害，讓植物在惡劣環境（如缺水、高鹽度）仍能生長。至於內外生菌根菌，更同時具備以上兩種真菌的特徵和作用。
我們平時亦有機會一睹菌根菌的面貌。一些有菌根菌寄生的樹木下，例如松樹和橡樹，有時會找到美味的松露、松茸、牛肝菌等，其實都是菌根菌進入繁殖階段所產生出來的子實體，用以傳播孢子。看來菌根菌不止幫助了樹木，還有益於人們口福呢！但是很多子實體是有毒的，胡亂採吃有可能送命，又由於菌類物種繁多而外形相像，一般人難以一一分辨，所以在野外還是不要亂碰這些「益生菌」為妙！
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